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《鱼》故事讲述在女主角华织与两同伴到冲绳海边旅游，在别墅中，她们竟然发现一条有脚的鱼，虽然华织用桌子把它砸死并扔掉，但腥臭却还在，而且鱼的尸体也不翼而飞，女主角被尸臭感染，最终死去，世界也被鱼身上的“脚”所占领，成千上万的人都被鱼身上的”脚“所控制，是一个灾难性的故事。动画版的《鱼》和漫画版原作基本保持了相同的故事主线，只是对其中部分人物和叙事顺序进行了改动。
女主角华织与其好友亚纪，惠理香去冲绳海边进行毕业旅行，意外发现一种散发恶臭的步行鱼。随着时间的推移，步行鱼开始大量在冲绳附近海岸登陆，担心未婚夫阿忠的华织只身回到东京，发现那里也变成了步行鱼的天下。在飞机上与华织相识的记者白河为了能获得更多有关步行鱼的信息，而与华织一同前往寻找阿忠。在经历了一系列与步行鱼生物的激烈对抗后，二人终于抵达了阿忠叔叔小柳教授的研究室。白河拿到了小柳对于步行鱼的绝密研究，华织也在研究室内发现了被不明病毒感染的阿忠。
华织和白河从小柳口中得知，原来步行鱼是日本在二战时期研究的秘密武器，但运载其的舰船被炸沉在冲绳附近海域。这种秘密武器还带有一种神秘病毒，感染的生物将会在身体内部产生大量瓦斯，从而推动步行机器的运动。已经感染的阿忠失去了控制，刺死了小柳，华织和白河追随其来到了大街上。此时绝大部分的人都遭到了感染，变成了全身肿胀且不停喷出恶臭瓦斯的惨状。华织的朋友惠理香变成了步行感染者，亚纪葬身于步行鱼池中。阿忠受到其他感染者围攻而死，白河也受到了感染，最后只有华织一人得以逃脱，和其他未被感染者一起乘船离开日本。然而在影片的最后，步行感染者已经遍布了全世界。面对着的充满瓦斯的世界，华织只能轻叹着“我已经习惯了...”